液相色譜儀的分離系統是比較簡單的，它包括色譜柱和連接管以及恒溫器，這三個設備都是缺一不可的，如果缺少了其中的某個設備的話就可能會產生非常麻煩的后果。一般色譜柱的長度是不超過50cm的，內徑統一為2cm到5cm，材質也有不同的類型，比如不銹鋼的和鈦合金的，這三種不同類型的液相色譜儀在使用的時候會有不同的效果。在色譜柱的內部有固定相，這個固定相也是色譜儀中不能缺少的零件，它有著高強度的樹脂和硅膠，而且它的惰性非常強，如果加入機械涂漬的話會產生不同的化合物，在分離蛋白的時候能夠起到非常好的效果。
　　在進行分離的時候液相色譜儀會起到非常關鍵的效果，不同材質的物品在分離的時候效果是*不同的，有的效果會稍微好一些，有的可能需要較長的時間才能夠*分離，所以大家在分離的時候一定要有耐心，不然就會無法等到它*分離了。在了解固定相的時候我們會發現它的柱床是非常均勻的，內部的結構也很緊密，這樣很容易降低渦流的擴散效應。在進行傳輸的時候也證明了基質的粒度越小，那么分辨率就會越高，在使用的時候大家可以去觀察一下，看看你它的運作過程到底是怎樣的，在其中分離系統又發揮著怎樣的作用，了解之后你就可以得出結果了。